Description

La Plate-forme Régionale de Biologie Innovante (PRBI), propose une expertise complète de séquençage à partir de produits de PCR purifiés.

Cette analyse peut être demandée dans le cadre du diagnostic ou de la recherche.

Méthode

Pour la réaction de séquence, la PRBI utilise le kit BigDye^TM Terminator Version 3.1 (Applied-Biosystems). Cette chimie est conçue pour la majorité des applications. La version 3.1 produit des données avec des hauteurs de pics uniformes et une optimisation du signal.

Les séquences sont migrées dans un séquenceur capillaire automatique ABI3130xl (Applied-Biosystems).

Les données brutes sont traitées pour être transmises au format fasta et .ab1.

Conditions d’accès

Ce service est accessible à toutes les équipes du CHU de Reims et de l’IFR53 et à toute équipe extérieure qui en fera la demande.

Les équipes souhaitant bénéficier de cette prestation devront suivrent la procédure de demande d’accès et remplir une feuille de demande d’accès.

Après accord du projet par le bureau PRBI, les séquences sont réalisées à la demande sur rendez-vous (au moins 24h à l’avance).

Réactifs

Deux fonctionnements possibles :

1)      l’équipe responsable du projet commande les kits, réactifs et consommables spécifiques sur ses propres budgets,

2)      la PRBI fournit les kits, réactifs et consommables spécifiques.

Dans tous les cas, les consommables et réactifs communs sont fournis par la PRBI.

Echantillons

Les échantillons doivent être transmis dans des micro tubes ou en plaque à la PRBI accompagnés du formulaire de demande.

Les produits de PCR doivent être purifiés par un kit Qiagen ou équivalent. Le volume minimum nécessaire est de 5 µL (<6 ng/µL)

Les amorces sont jointes aux échantillons dans des micro tubes à la concentration de 3 µM, prévoir 1 µL par séquence ainsi qu’un volume mort.

La réception des échantillons se fait de 8h00 à 17h00 du lundi au vendredi.

Les échantillons doivent être accompagnés d’un plan d’injection disponible par email (prbi@chu-reims.fr) afin d’identifier l’équipe demandeuse, les échantillons et amorces.

Résultats

Les résultats bruts au format fasta et ab1 sont transmis par email à l’équipe dans les 48h après l’envoi des prélèvements.

Le personnel de la PRBI et du laboratoire de Parasitologie-Mycologie du CHU ne sont pas responsables de la qualité des résultats dépendant de la qualité des échantillons fournis.

Prestations

La PRBI réceptionne les échantillons et les conserve jusqu’à l’analyse.

Les différentes étapes sont faites à la PRBI et dans le laboratoire de Parasitologie-Mycologie du CHU.

L’expertise est réalisée par le personnel de la PRBI ou du laboratoire de Parasitologie-Mycologie du CHU. Elle comprend, la purification de l’échantillon, la réaction de séquence, la purification du produit de séquence, la migration sur le séquenceur capillaire, l’extraction des données et l’envoi des résultats.

Tarification

Pour participer à la maintenance des équipements et aux frais de réactifs et consommables, une participation financière est demandée.

Deux modes de facturation :

1)      facturation immédiate, dans ce cas l’équipe demandeuse doit joindre aux échantillons et au plan d’injection un bon de commande précisant le nombre d’injections ou de runs à passer aux prix indiqués ci-dessous.

2)      facturation différée, la PRBI enverra tous les trois mois un devis reprenant toutes les injections ou runs passés dans le trimestre, les équipes transmettront le bon de commande par courrier à la PRBI.

Sur le bon de commande, indiquer comme fournisseur le CHU de Reims et préciser les coordonnées de l’organisme débiteur.